Збірна Литви
Знову до ФІФА Литва була включена в 1991 році. До того проводила неофіційні матчі, зокрема зі збірною Грузії В 1990 році.
Приймає участь у У відбірному турнірі збірних 
до ЧС 1994. В групі з Іспанією, Данією, Ірландією, Північною Ірландією, Албанією і Латвією . В першому матчі відбору Литва грає в нічию з Північною Ірландією, цим самим здобуваючи перші офіційні очки. Незабаром трапляється перша перемога — на виїзді над Латвією. Врешті Литва посіла п'ята місце, випередивши тільки албанців та латвійців.
25 червня 1992 року Конгрес УЄФА офіційно повернув Литву до європейського футболу. Вже 16 вересня “Жальгіріс” зіграв з ПСВ Ейндховен у Кубку Чемпіонів УЄФА.
В 1997 році національна збірна мала хороший шанс потрапити на Чемпіонат світу, але в передостанньому турі на своєму полі програла конкуренту - Ірландії. Як наслідок, команда посіла третє місце в групі, відставши на одне очко.
В 1998 році Литовська молодіжка (U-18) посіла перше місце у відбірковій групі. В ті часи був дивний формат - далі проходили команди, які посіли перші місця. Але вони потрапляли не у фінальну стадію, а лише в стикові матчі.
Литовці у раунді плей-оф здолали Туреччину й потрапили у фінальну стадію чемпіонату Європи, який проходив на Кіпрі. Зі складної групи, в яку потрапили німецька, португальська та іспанська команди, Литві вибратись не вдалось.
В 2003 році Литовська збірна сенсаційно відбирає очки в Німеччини (1:1) на полі в Нюрнберзі і перемагає Шотландію (1:0). Але вийди у фінальну стадію завадив Гудйонсен, який забив два з трьох голів в очному поєдинку Ісландії та Литви. Литовці посіли 4 місце, на 4 очки відставши від Шотландії, яка потрапила в стики.
В 2008 році хороший старт у відборі до Чемпіонату світу 2010 - перемоги над Румунією (3:0) і Австрією (2:0) в двох перших матчах. І 9 очок після чотирьох турів, але фінішували литовці четвертими з дев’ятиочковим відставанням від другого місця.
Подальші виступи були млявими, збірна Естонії 
досягла кращих результатів.